با آغاز به کار دولت دوازدهم و انتخاب دکتر غلامی به سمت وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، روسای جدید دانشگاه ها نیز مشخص شدند. طی این مدت، 12 نفر ابقا شده و 4 نفر نیز به‌‌عنوان سرپرست جدید معرفی شده‌اند.
- دانشگاه خواجه نصیرالدین طوسی
- دانشگاه ادیان و مذاهب
- دانشگاه صنعتی جندی شاپور
- دانشگاه گیلان
- دانشگاه علم و صنعت
- دانشگاه فردوسی مشهد
- دانشگاه صنعتی اصفهان
- دانشگاه علم و فناوری مازندران
- دانشگاه یزد
- دانشگاه اراک
- دانشگاه ارومیه
- دانشگاه تبریز
دانشگاه‌هایی که برای آن ها سرپرست تعیین شده است:
- دانشگاه فنی و حرفه‌ای
- دانشگاه پیام نور
- دانشگاه شیراز
- دانشگاه بوعلی سینای همدان
| ردیف | دانشگاه | رئیس و سرپرست دانشگاه | تاریخ معرفی | تاریخ تائید در شورا | مدت فعالیت/وضعیت حال حاضر |
| ۱ | بوعلی سینای همدان | یعقوب محمدی‌فر | ۱۰ آبان ۹۶ | هنوز تایید نشده | حدود ۲ماه /سرپرست |
| ۲ | دانشگاه پیام نور | محمدرضا زمانی | ۲۲ آذر ۹۶ | هنوز تایید نشده | کمتر از یک ماه / سرپرست |
| ۳ | دانشگاه فنی و حرفه‌ای | ابراهیم صالحی عمران | ۱۸ آذر ۹۶ | هنوز تایید نشده | کمتر از یک ماه / سرپرست |
| ۴ | خواجه نصیرالدین طوسی | علی خاکی صدیق | ۱۴ آذر ۹۶ | تائید اولیه، شورا، ۶ اسفند ۹۲ | حدود۳ سال و نیم /ابقاء /رئیس دانشگاه |
| ۵ | علم و صنعت | محمد علی برخورداری | ۲۹ آذر ۹۶ | تائید اولیه ۲۰ اسفند ۹۲ | حدود ۳ سال و نیم /ابقاء/رئیس دانشگاه |
| ۶ | گیلان | احمد رضی | ۵ دی ۹۶ | تائید اولیه ۲ اردیبهشت ۹۳ | حدود ۳ سال و نیم /ابقاء/رئیس دانشگاه |
| ۷ | ادیان و مذاهب | سید ابوالحسن نواب | سال ۸۴ | – | از سال ۸۴ تا کنون/ابقاء/رئیس دانشگاه |
| ۸ | صنعتی جندی شاپور | محمدرضا عصاری | ۴ دی ۹۶ | تائید اولیه ۱۱ شهریور ۹۳ | حدود 3سال و نیم /ابقاء/رئیس دانشگاه |
| ۹ | فردوسی مشهد | محمد کافی | ۲ دی ۹۶ | تائید اولیه ۲۰ اسفند ۹۲ | حدود ۳ سال و نیم /ابقاء/رئیس دانشگاه |
| ۱۰ | صنعتی اصفهان | محمود مدرس هاشمی | ۱۰ آذر ۹۲ | ۶تائید اولیه در شورا اسفند ۹۲ | حدود ۳ سال و نیم /ابقا/رئیس دانشگاه |
| ۱۱ | علم و فناوری مازندران | حمید محمدزاده | ۸ بهمن ۹۲ | ۲۰تائید اولیه در شورا اسفند ۹۲ | حدود ۳ سال و نیم /ابقا/رئیس دانشگاه |
| ۱۲ | اراک | سعید حمیدی | ۱۰ بهمن ۹۲ | ۲۰تائید اولیه در شورا اسفند ۹۲ | حدود ۳ سال ونیم /ابقا/ رئیس دانشگاه |
| ۱۳ | ارومیه | رحیم حب‌نقی | ۱۰ بهمن ۹۲ | ۲ تائید اولیه در شورا اردیبهشت ۹۳ | حدود ۳ سال و نیم/ابقا/ رئیس دانشگاه |
| ۱۴ | یزد | محمدصالح اولیا | ۲۱ اسفند ۹۲ | ۱۶تائید اولیه در شورا اردیبهشت ۹۳ | حدود ۳ سال و نیم /ابقا/رئیس دانشگاه |
| ۱۵ | شیراز | حمید نادگران | ۶ دی ۹۶ | هنوز تائید نشده | کمتر از یک هفته انتصاب/سرپرست |
| ۱۶ | تبریز | محمدرضا پورمحمدی | ۲۱ اسفند ۹۲ | تائید اولیه در شورا ۱۶ اردیبهشت ۹۳ | حدود ۳ سال و نیم/ابقا/ رئیس دانشگاه |
همچنین وزیر علوم در حکمی دکتر مسعود شمس بخش را به سمت مشاور وزیر و مدیرکل دفتر وزارتی منصوب کرد.
پیش از این، عبدالحسین فریدون به مدت چهار سال به‌‌عنوان مشاور وزیر و مدیر کل دفتر وزارتی فعالیت می کرد.
وزیر علوم همچنین در احکامی جداگانه، عبدالرضا باقری را با حفظ سمت به‌‌عنوان قائم‌مقام وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، وحید احمدی را به سمت مشاور وزیر و رییس مرکز تحقیقات سیاست علمی کشور، مسعود برومند را به سمت معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم، غلامرضا غفاری را به سمت معاون فرهنگی و اجتماعی وزارت علوم، و فریدون جعفری را به سمت مدیرکل دفتر بازرسی و پاسخگویی به شکایات این وزارتخانه منصوب کرد.
وی همچنین مصطفی مطلبی را به سمت سرپرست پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری منصوب کرد.
